Управлением Россвязьохранкультуры по Томской области в августе 2008г. проведена плановая проверка Томского областного краеведческого музея. В ходе проверки было оценено соответствие сохранности имеющихся в музее фондов, а также соответствие учета музейных предметов и коллекций.

В ходе проведенной проверки выявлены нарушения Федерального закона «О Музейном фонде Российской Федерации и музеях в Российской Федерации» в части регистрации музейных предметов и коллекций в Государственном каталоге Музейного фонда РФ, ведущимся Федеральным агентством по культуре, а также некоторые несоответствия в учете музейных предметов.

По итогам проверки руководителю Томского областного краеведческого музея выданы соответствующие предписания об устранении допущенных нарушений.